Esta molécula é o primeiro intermediário da síntese de lipídios, sendo este ponto importante na regulação coordenada entre síntese e degradação, que não devem ocorrer simultaneamente, já que isto consistiria em um ciclo fútil.

Como a síntese de lipídios se dá no citosol e a degradação na mitocôndria, o malonil-CoA faz a regulação por compartimentalização: enquanto lipídios estão sendo sintetizados, a carnitina-aciltranferase fica inibida para que nenhuma cadeia lipídica (em especial as recém-sintetizadas) entre na mitocôndria para degradação.