Esta enzima possui uma regulação singular: além da atividade, também sua afinidade pelo substrato pode ser regulada. Há, portanto, dois sítios de regulação.

O sítio que controla a atividade da enzima possui como moduladores o ATP (efeito positivo) e o dATP (efeito negativo).

A regulação da especificidade é feita de tal forma que a produção de precursores para a síntese de DNA seja balanceada entre os diferentes tipos de precursores. Assim, caso ATP ou dATP liguem-se ao sítio da enzima, isto favorecerá a redução de UDP e CDP. Já a ligação de dTTP ou dGTP, favorece o consumo de GDP e ADP respectivamente