Os eucariotos também possuem uma carbamil-P sintase, uma enzima que utiliza amônia como substrato no lugar de glutamina. Ela está associada com a formação de citrulina na via de biossíntese da arginina, e em mamíferos, e é uma enzima mitocondrial presente predominantemente no fígado, onde catalisa um dos passos do ciclo da uréia.