Os lipídeos podem ainda se associar com proteínas, formando lipoproteínas. Muitas delas estão presentes nos animais com funções importantes em seus organismos. Existem, por exemplo, quilomícrons, que são gotículas de triacilgliceróis encapadas por uma camada fina de proteínas, transportando esses triacilgliceróis do intestino delgado até os depósitos de gorduras. Existem ainda as VLDL, LDL e HDL, lipoproteínas plasmáticas encontradas no sangue dos animais.