Um número de acetyltransferases eucarióticas podem ser, com base nas similaridades em sua seqüência, agrupadas em uma família. São elas: choline o-acetyltransferase (EC 2.3.1.6); Cornithine o-acetyltransferase (EC 2.3.1.7) ; Peroxissomal carnitine octanoyltransferase (EC 2.3.1.-); Mitocondrial carnitine palmitoyltransferases I e II(EC 2.3.1.21); Proteína hipotética YER024w de leveduras; e acyltransferase de Micoplasma C09_orf600.

Estas enzimas compartilham muitas regiões de similaridade na seqüência de amino acids. Duas destas foram selecionadas como assinatura para reconhecimento. A primeira, locaizada na porção N-terminal destas enzimas caracteriza-se pela presença de três dipeptídeos [LIVM]-P. A segunda região, localizada na parte central destas enzimas caracteriza-se pela conservaçã de certo número de resíduos carregados, incluindo uma histidine, que provavelmente possui importante papel no mecanismo catalítico.
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