This is the first intermediate in the fatty acids synthesis. It's important that it inhibites the fatty acids catabolism to prevent a futile cycle - syntehsis and degradation simutaneously.

Como a síntese de lipídios se dá no citosol e a degradação na mitocôndria, o malonil-CoA faz a regulação por compartimentalização: enquanto lipídios estão sendo sintetizados, a carnitina-aciltranferase fica inibida para que nenhuma cadeia lipídica (em especial as recém-sintetizadas) entre na mitocôndria para degradação.